Προβλήματα μετάδοσης
Μια άλλη κοινή πηγή προβλημάτων με το CR-V αφορά τη μετάδοση. Το CR-V έχει πωληθεί με πολλές διαφορετικές μεταδόσεις, συμπεριλαμβανομένων χειροκίνητων και αυτόματων μοντέλων. Τα ηλεκτρικά σφάλματα παράγουν μερικές φορές ένα μήνυμα σφάλματος που δείχνει ότι υπάρχει πρόβλημα με το αυτόματο κιβώτιο, όταν στην πραγματικότητα δεν υπάρχει τέτοιο πρόβλημα. Τα αυτόματα κιβώτια στο CR-V είναι επίσης μερικές φορές επιρρεπή σε διαρροή ρευστού μετάδοσης. Ο υπερβολικός θόρυβος κατά τη διάρκεια των βάρδιων έχει επίσης αναφερθεί τόσο με τα αυτόματα όσο και με τα χειροκίνητα κιβώτια ταχυτήτων CR-V.
Μηχανικές ανακλήσεις
Το CR-V έχει υποστεί αρκετές ανακλήσεις από τη Honda λόγω μηχανικών ελαττωμάτων. Το 2003 η Honda υπενθύμισε σχεδόν ένα τέταρτο εκατομμύριο οχήματα λόγω προβλήματος με το καλώδιο αλλαγής ταχυτήτων στο αυτόματο κιβώτιο ταχυτήτων. Εγκαταστάθηκαν νέα καλώδια για να αποφευχθεί τυχαία μετακίνηση και κύλιση των οχημάτων κατά τη στάθμευση. Μια άλλη ανάκληση του 2003 τέθηκε σε ισχύ για να επιδιορθώσει ένα πρόβλημα με την κλειδαριά ανάφλεξης σε περίπου 75.000 CR-Vs. Το 1999 ανακλήθηκαν πάνω από 100.000 οχήματα λόγω προβλημάτων με μια πλεξούδα καλωδίωσης στην ταμπέλα.
Ανάκληση ασφαλείας
Μια άλλη ομάδα ανακλήσεων CR-V αφορούσε ειδικά τον εξοπλισμό ασφαλείας. Μια δράση του 2006 που περιλάμβανε περισσότερα από ένα εκατομμύριο οχήματα ανάγκασε την Honda να στείλει ενημερωμένες πληροφορίες που διορθώνουν έναν εσφαλμένο αριθμό τηλεφώνου έκτακτης ανάγκης στα εγχειρίδια ιδιοκτητών. Αντί να ανακαλέσει τα επηρεαζόμενα οχήματα, η Honda απέστειλε καρτ-ποστάλ στους ιδιοκτήτες με τα σωστά αναφερόμενα στοιχεία. Το 2004 ανακλήθηκαν περίπου 7.000 οχήματα λόγω προβλήματος με τους αισθητήρες αερόσακου καθίσματος συνοδηγού. Την ίδια χρονιά, περισσότερα από 130.000 οχήματα Honda, συμπεριλαμβανομένων πολλών CR-Vs, ανακλήθηκαν για ένα θέμα που δεν σχετίζεται με αερόσακους.
Γενικά προβλήματα
Ορισμένα άλλα προβλήματα με το Honda CR-V είναι οι γενικές αδυναμίες των οδηγών και τους κριτικούς της αυτοκινητοβιομηχανίας. Πολλοί έχουν μπερδέψει τη μέτρια δύναμη και το χειρισμό του CR-V, οι οποίες επαρκούν για την οδήγηση, αλλά δεν συμβαδίζουν με το επίπεδο απόδοσης ορισμένων SUV κατά τη διάρκεια κακοκαιρίας, εκτός δρόμου ή σε καταστάσεις έκτακτης ανάγκης. Ορισμένοι οδηγοί ανέφεραν επίσης την έλλειψη εσωτερικού χώρου για τα πόδια και τα άβολα καθίσματα του CR-V. Η αποθήκευση αποτέλεσε επίσης ένα ζήτημα, με κάποιους ιδιοκτήτες να βρίσκουν το ράφι αποσκευών που είναι τοποθετημένο στην οροφή, δύσκολο να το χρησιμοποιήσει ή ακριβό να εγκατασταθεί.