1996 και 1997
Τα μοντέλα Mustang GT του 1996 και του 1997 περιείχαν ένα Φυσικά αναρροφημένος 4.6-λίτρων V8 κινητήρα που έκανε 215 ίππους. Τα μοντέλα της Cobra αυτής της εποχής περιείχαν έναν κινητήρα V8 4.6 λίτρων με φυσική αναρρόφηση που παρήγαγε 305 ίππους. Το 1998 το Mustang GT περιείχε μια ελαφρώς τροποποιημένη έκδοση του κινητήρα 1996-1997, παράγοντας επιπλέον 10 Ιπποδύναμη, για συνολικά 225. Δεν έγιναν αλλαγές στον κινητήρα Cobra αυτή τη στιγμή
1999
2000
Το 1999 Mustang GT έτυχε σημαντικής αναβάθμισης του κινητήρα, καθώς το V8 4.6-λίτρων ήταν tweaked για να φτάσει συνολικά 260 ίππους. Ο κινητήρας Cobra παρέμεινε αμετάβλητος. Δεν υπήρχε Cobra που προσφέρθηκε το 2000.
2001
Δεν έγιναν αλλαγές στον κινητήρα GT το 2001. Το Cobra επανεισάγεται με 4.6 V8 που παράγει 320 ίππους.
2002
Δεν έγιναν αλλαγές στον κινητήρα GT το 2002. Το Cobra ήταν και πάλι απούσα κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου.
2003 έως 2004
Δεν έγιναν αλλαγές στον κινητήρα GT το 2003 ή το 2004. Το Cobra επανεμφανίστηκε, αυτή τη φορά με ένα υπερτροφοδοτούμενο V8 4,6 λίτρων που έκανε 390 ίππους. Αυτό το αυτοκίνητο ήταν με την κωδική ονομασία "Terminator."
2005 - 2010
Σημαντικές αλλαγές έγιναν στο Mustang το 2005, συμπεριλαμβανομένου ενός νέου 4.6-λίτρων V8 που προσφέρεται στο GT που έκανε 300 ίππους. Δεν προσφέρθηκαν Cobras κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου. Το 2010 σηματοδότησε το τελευταίο έτος του 4.6-λίτρων Mustang V8, καθώς αντικαταστάθηκε από ένα νέο V8 5.0 λίτρων για το έτος μοντέλου 2011.