Αλλαγή μοντέλου του 1999
Το CR250R του 1999 είχε αρκετές αλλαγές στο πλαίσιο και τον κινητήρα του. Ο κινητήρας ήταν εξοπλισμένος με ένα νέο καρμπυρατέρ μήκους 38 mm, μαζί με ένα επανασχηματισμένο κύκλωμα αεριωθούμενης δέσμης και μια βελόνα διπλής βελόνας. Κατασκευάστηκε επίσης με ένα τετράγωνο τετράγωνο τετράγωνο, το οποίο δεν ήταν διαθέσιμο στα προηγούμενα μοντέλα CR250. Η κεντρική θύρα των κυλίνδρων του κινητήρα έχει επίσης χαμηλωθεί στα 0,2 mm, για να επιτρέψει μεγαλύτερη ισχύ στην έξοδο χαμηλής και μέσης ταχύτητας στροφών. Ένας νέος σωλήνας τοποθετήθηκε επίσης μαζί με ένα νέο θάλαμο καύσης και μια κεντρική μονάδα επεξεργασίας 16-bit προστέθηκε στο σύστημα ανάφλεξης για καλύτερο χρονισμό και απόδοση.
Σύστημα μετάδοσης κίνησης
Το CR250R του 1999 ήταν εξοπλισμένο με 249 cc υγρόψυκτος, δίχρονος μονοκύλινδρος κινητήρας. Είχε μια διάτρηση και εγκεφαλικό επεισόδιο 2,61 με 2,93 ίντσες και λόγο συμπίεσης 8,7: 1. Ήταν επίσης συμβατό με ένα κιβώτιο ταχυτήτων πέντε ταχυτήτων με κιβώτιο ταχυτήτων αλυσίδας. Το σύστημα ανάφλεξης ήταν ψηφιακή ανάφλεξη τύπου στερεάς κατάστασης με ηλεκτρονική πρόοδο. Η συνολική ονομαστική απόδοση του κινητήρα είναι 45,5 ίππους και η χωρητικότητα του ρεζερβουάρ καυσίμου ήταν 7,6 λίτρα.
Σασί και πλαίσιο
Το πλαίσιο και το πλαίσιο του CR250R του 1999 τροποποιήθηκαν επίσης. Η ανάρτηση και στους δύο τροχούς άλλαξε, προσθέτοντας τροποποιημένα ελατήρια και ρυθμούς απόσβεσης. Η εμπρόσθια ανάρτηση ήταν ένα ανεστραμμένο πιρούνι Showa 47 mm. Η πίσω ανάρτηση ήταν ένα ενιαίο σοκ Pro-Link Showa με προφόρτιση ελατηρίου, συμπληρώνοντας την ικανότητα της μπροστινής ανάρτησης να μειώνει την τριβή ενώ κινείτο. Η εμπρός ανάρτηση έγινε επίσης μικρότερη από τις προηγούμενες εκδόσεις, επιτρέποντας ένα χαμηλότερο ύψος καθίσματος και καλύτερο σύστημα διεύθυνσης. Το εμπρόσθιο φρένο ήταν ένας δίσκος με δαγκάνες διπλού εμβόλου, ενώ το πίσω φρένο ήταν ένας δίσκος με ένα δαγκάνα εμβόλου.